中华放射医学与防护杂志  2017, Vol. 37 Issue (4): 246-250   PDF    
宫颈癌细胞放射损伤后IER5蛋白表达及其相互作用蛋白的筛选和验证
于新平1, 马腾2, 周平坤2, 吴玉梅1     
1. 100006 北京 首都医科大学附属北京妇产医院;
2. 100850 北京 军事医学科学院放射与辐射医学研究所 放射生物学北京市重点实验室
[摘要] 目的 了解IER5蛋白经放射损伤后的表达变化,并筛选IER5蛋白在放射损伤后可能参与DNA损伤修复通路中的相互作用蛋白。 方法 HeLa细胞经4 Gy γ射线照射后在不同时间点收集细胞,提取总蛋白质和细胞核蛋白行Western blot检验;构建3×Flag标签融合表达的IER5蛋白表达载体,转染人肾上皮细胞293T并照射,收集细胞行免疫沉淀富集IER5的结合蛋白,十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分离免疫共沉淀复合物,考马斯亮蓝染色观察差异条带并切胶酶解后行质谱分析,对可能相互作用蛋白结果进行Western blot验证。 结果 IER5蛋白照后4 h表达逐渐增加,12 h至高峰,持续至48 h;细胞核内IER5蛋白表达也有增加趋势;质谱分析数据表明,照射组检测出374个蛋白,对照组检测出256个蛋白,两组比较差异蛋白41个,照射组中包括与DNA结合、代谢、损伤修复相关的10个蛋白;其中,与DNA损伤修复密切相关的1型聚ADP核糖基化聚合酶(PARP1)得到Western blot验证。 结论 IER5是放射损伤相关蛋白,其可能参与DNA损伤修复通路。
[关键词] 宫颈癌     IER5     免疫共沉淀     质谱分析    
Preliminary screening of novel IER5 interacting proteins after ionizing irradiation
Yu Xinping1, Ma Teng2, Zhou Pingkun2, Wu Yumei1     
1. Beijing Obstetric and Gynecological Hospital, Capital Medical University, Beijing 100006, China;
2. Institute of Radiation Medicine, the Military Medical Sciences, Beijing Key Laboratory for Radiobiology, Beijing 100850, China
Fund programs: National Natural Science Foundation of China (81272888); Beijing Municipal Administration of Hospitals Clinical Medicine Development of Special Funding Support (ZYLX201705)
Corresponding author: Wu Yumei, Email:wym597118@163.com
[Abstract] Objective To investigate the expression of radiation-induced IER5 protein and screen its potential interaction proteins that may participate in DNA repair process. Methods HeLa cells were irradiated with 4 Gy ionizing radiation. IER5 protein expression in whole cell lysate and in nuclear fraction were detected by Western blot at different timepoints after irradiation. 3×Flag-IER5 pCMV plasmid was constrcuted and the Flag tagged-IER5 expression was verified by Western blot. 293T cells were transfected with 3×Flag-IER5 pCMV plasmid. After irradiation the cells were collected and proteins were extracted. The IER5 interaction proteins were purified using immunoprecipitation and separated by 12% SDS-polyacrylamide gel electrophoresis. Then the binding proteins were cut from the gel and analyzed by Mass spectrometry. Results The expression of IER5 protein began to increase 4 hour post-irradiation and its peak level was observed at 12 hour post-irradiation, and it lasted until 48 hour after irradiation. The expression level of IER5 protein in whole cell lysate and nuclear fraction were both increased. With the mass spectrometry analysis, a total of 347 proteins and 256 proteins were identified in irradiated and non-irradiated groups, respectively. Fourty one differential proteins were obtained, where 10 proteins were associated with DNA metabolic process and DNA rapair in the irradiated group and the poly (ADP-ribose) polymerase 1 (PARP1) protein was further confirmed by Western blot. Conclusions IER5 protein is an DNA damage related protein, and it may participate in DNA repair process.
[Key words] Cervical cancer     Immediate early response 5     Immuniprecipitation     Mass spectrometry    

宫颈癌是女性第三大恶性肿瘤[1],其放射治疗中存在的放射不敏感,使宫颈癌治疗效果不令人满意,所以寻找宫颈癌放射敏感性靶标是近年来众多学者关注的热点问题。

IER5(immediate early response 5) 是早期反应基因之一,基因芯片结果发现放射损伤诱导其表达[2], 是放射损伤暴露剂量相关的DNA损伤修复蛋白生物标记物[3]。本研究组前期经实时定量PCR方法验证放射损伤后IER5基因在mRNA水平上表达发生变化[4]。有文献报道,IER5在宫颈癌组织中较正常宫颈组织表达增加了89.3倍[5]。IER5是否可作为宫颈癌治疗新靶标及其作用机制还有待进一步阐明。本研究拟在蛋白水平上验证IER5放射后变化,并筛选出IER5在放射损伤后的相互作用蛋白,为进一步研究放射损伤后的作用机制奠定基础。

材料与方法

1.主要试剂与仪器:ANTI-FLAG M2 Affinity Gel、Flag抗体、0.25%胰蛋白酶 (美国Sigma-aldrich公司),Lipofectamine2000 (美国Invitrogen公司),M-PER蛋白裂解液 (美国Thermo公司),DMEM、胎牛血清 (美国Hyclone公司),IP裂解液NETN100 (本实验室配置:Tris-HCL pH=8.0, 20 mmol/L,EDTA 1 mmol/L,NaCl 100 mmol/L,NP40 0.5%),蛋白酶抑制剂混合片剂cocktail (瑞士Roche公司),IER5多克隆抗体 (美国Abcam公司),proteinA/G plus-agarose、PARP1抗体、Histone H1抗体 (美国Santa Cruz公司),GAPDH单克隆抗体、HRP标记的山羊抗鼠二抗、HRP标记的兔抗山羊二抗 (北京中杉金桥公司),细胞核蛋白与细胞质蛋白抽提试剂盒 (上海碧云天生物技术有限公司)。

2.细胞培养:HeLa细胞及人肾上皮细胞293T (军事医学科学院放射与辐射医学研究所实验室) 使用DMEM培养基培养,含10%胎牛血清,1%青霉素和链霉素,置于5%CO2,37 ℃恒温培养箱。使用0.25%胰蛋白酶消化分离,进行传代。

3.细胞转染:取对数期293T、HeLa细胞转染,密度70%~90%,转染前换为双无培养基,100 mm培养皿转染8 μg质粒3×Flag\|IER5,质粒与脂质体 (质量:体积=1:2) 分别与双无培养基作用5 min,混合后继续作用20 min,加入培养皿中,十字摇匀,6 h后换正常培养基。转染36~48 h后照射并收集细胞,两种细胞均分别设照射组,将处理后未照射细胞分别设对照组。验证实验使用HeLa细胞。

4.细胞照射:采用军事医学科学院辐射中心60Co γ辐射源进行单次照射,照射总剂量4 Gy,吸收剂量率为91.54 cGy/min,源靶距为3 m。

5.免疫共沉淀:293T细胞转染36 h后进行4 Gy照射,照后1 h收集样品。预冷PBS洗2遍,PBS吹落混匀细胞,4 ℃,3 000 r/min,离心半径7 cm, 离心3 min,弃上清,每组加入NETN100裂解液6 ml+100×cocktail 60 μl冰上裂解15 min,4 ℃ 12 000 r/min,离心半径7 cm, 离心10 min,取上清,各留100 μl做细胞总蛋白input;于proteinA/G plus-agarose预吸附混悬1.5 h,4 ℃ 2 000 r/min,离心半径7 cm, 离心1 min,取上清,于anti-flag-beads混悬4 h,4 ℃ 2 000 r/min,离心半径7 cm, 离心1 min,弃上清,NETN100混悬清洗3×8 min,最后加100 μl NETN100,与6×上样缓冲液混匀后沸水煮10 min,-80 ℃保存。

6.免疫印迹 (Western blot):HeLa细胞照后1、2、4、6、8、12、24、48 h收集细胞于离心管中,加入蛋白裂解液100 μl,冰上裂解10 min,4 ℃ 12 000 r/min,离心半径7 cm,离心10 min,取上清并测浓度;另取受照后0.5、2、8 h细胞,抽取细胞核内蛋白,方法参照试剂盒说明书。根据蛋白浓度电泳上样100 μg;质谱样品细胞总蛋白input及IP各取8 μl上样。10%SDS-PAGE胶恒压电泳,100 V电转膜90 min,5%脱脂奶粉室温封闭1 h,孵育,PARP1抗体、Flag抗体、IER5抗体、GAPDH抗体、Histone H1抗体4 ℃过夜,TBST洗一抗,10 min×3次,室温孵育相应二抗1 h,TBST洗10 min×3次,化学发光法显影。

7.数据处理:蛋白定量分析使用Image J软件进行分析,所有实验独立重复至少3次,质谱鉴定的蛋白质用在线分析软件DAVID进行功能注释和分析。

结  果

1. HeLa细胞受照后IER5蛋白表达量的变化:结果显示,细胞受照后,IER5蛋白表达上调,于照后4 h蛋白水平开始增加,12 h蛋白水平至高峰,蛋白表达增至2倍,并持续至48 h,见图 1。受照后,核内IER5蛋白有增多趋势,照后0.5 h核内IER5蛋白即有升高,见图 2

图 1 Western blot检测HeLa细胞4 Gy照射后不同时间点IER5蛋白的表达 Figure 1 Western blot analysis of IER5 protein expression in Hela cells after 4 Gy irradiation

图 2 Western blot检测HeLa细胞4 Gy照射后不同时间点细胞核内IER5蛋白表达 Figure 2 Western blot analysis of IER5 protein in the nucleus of HeLa cells after 4 Gy irradiation

2. Western blot检测转染3×Flag-IER5融合蛋白的表达:使用p-CMV载体构建3×Flag-IER5融合表达质粒,瞬时转染至HeLa细胞,48 h后Western blot检测结果见图 3,3×Flag-IER5载体成功表达,标签抗体及目的抗体均能识别。

图 3 Western blot检测HeLa细胞3×Flag-IER5融合蛋白表达 Figure 3 Western blot analysis of 3×Flag-IER5 protein

3.质谱结果及筛选:免疫共沉淀复合物SDS-PAGE分离并染色后,条带切胶送质谱分析。分析质谱得出数据,照射组检测出374个蛋白,对照组检测出256个蛋白,两组间比较,匹配肽链数≥2的差异蛋白有41个。使用DAVID在线工具进行蛋白功能分类,照射组中与DNA结合、代谢、损伤修复相关的蛋白包括10个,见表 1

表 1 质谱分析联合DAVID在线分析软件筛选出与IER5相互作用蛋白 Table 1 MS and DAVID online datebase analysis of IER5 interacting proteins

4.质谱结果验证:根据质谱分析的结果,选择PARP1蛋白进行质谱样品验证,图 4结果显示,PARP1与IER5在细胞发生放射损伤后存在明显的相互作用关系,对照组也同样检测到PARP1(考虑可能对照组PARP1蛋白量少而质谱未能检测出),照射后相互作用蛋白增多。同时, 本实验也采用HeLa细胞重复了上述实验,验证了此结果,见图 5

图 4 Western blot检测IER5免疫共沉淀复合物中的PARP1蛋白 Figure 4 Western blot analysis of IER5 and PARP1 interaction

图 5 HeLa细胞验证IER5免疫共沉淀复合物中的PARP1蛋白 Figure 5 Analysis of IER5 and PARP1 interaction in HeLa cells

讨  论

早期研究提示,IER5基因可能在肿瘤增殖或患者预后、细胞代谢、细胞有丝分裂中发挥重要的作用[6-8]。近年来的研究进一步表明,IER5基因作为DNA损伤相关基因,可作为接受放射损伤后剂量评估的生物标记物,但其参与的机制却未阐明。

本研究组前期通过RT-PCR方法验证了放射损伤后IER5基因在HeLa、AHH-1细胞mRNA水平随剂量、时间变化而波动,本实验以HeLa细胞作为研究对象,验证了IER5在蛋白水平上放射损伤后表达变化,其表达于照后4 h开始增加,12 h出现高峰,并持续至48 h,结果与前期研究结果一致。目前,DNA是公认的电离辐射主要靶目标,细胞受照后的大部分生物学改变理论上是与DNA损伤相关,通过一系列信号传导而进行DNA损伤修复、周期调控或者凋亡[4]。有研究显示,IER5蛋白于细胞质和细胞核内均有分布[9],而本研究结果观察到,在放射损伤后IER5蛋白在细胞核内有增加趋势,所以推测放射损伤后细胞核内IER5蛋白发生变化,可能参与DNA损伤修复的某一过程,同时也指引了今后深入研究的方向。

本实验进一步采用免疫共沉淀方法富集到IER5相互作用蛋白,通过质谱分析及DAVID在线蛋白质功能注释,共筛选出10个与DNA代谢、损伤修复相关功能蛋白,比如B淋巴细胞瘤2相关转录因子参与Bcl-2家族蛋白转录调控[10],DNA解旋酶Ⅱ参与DNA解螺旋过程[11],核内不均一核糖核蛋白E1在DNA复制及调控转录翻译都有作用[12],X射线交叉互补修复蛋白6,即KU70蛋白,是DNA双链断裂非同源末端连接修复通路中的重要因子[13],尿嘧啶DNA糖基化酶和3-磷酸甘油醛脱氢酶在细胞核内起尿嘧啶糖基化酶的作用[14],无义转录稳定调节因子和外切核酸酶2主要参与mRNA的调控[15],组蛋白H3是维持染色体结构重要的核蛋白[16]。其中,最感兴趣的是PARP1蛋白,有研究证实,PARP1是催化多聚ADP核糖化的蛋白酶,在基因转录、DNA损伤修复、细胞凋亡等中起着重要的作用[17]。更为通俗的理解是PARP1参与到细胞众多的应激应答过程中,在DNA损伤修复方面,PARP1主要在DNA单链断裂修复或碱基切除修复途径中发挥作用,但PARP1活性被抑制后会因DNA单链损伤未修复而后发生DNA复制,造成DNA双链损伤。尤其在BRCA1突变的肿瘤中更加明显,因无法对DNA双链断裂进行修复,其对PARP1抑制剂更为敏感,DNA损伤程度累积及异常的DNA末端连接,而导致细胞生长阻滞及凋亡[18]。在女性恶性肿瘤前两位的乳腺癌及卵巢癌的治疗中,PARP1的抑制剂已成功用于临床[19-20]。本研究通过质谱分析并已初步验证IER5与PARP1存在相互作用,而且放射损伤后两者相互作用增强,因此,设想在宫颈癌中高表达的IER5与PARP1存在相互作用,能否在宫颈癌的治疗中有新的治疗突破点。接下来将继续验证两者相互作用方式、时效关系及功能影响等,争取有更深一层的研究突破和进展。

利益冲突 本文研究者及家属, 未因进行该研究而接受任何不正当的职务或经费利益, 在此对研究的独立性和科学性予以保证
作者贡献声明 于新平执行项目的研究, 撰写论文;马腾、周平坤、吴玉梅设计研究方案,分析讨论研究结果,修改论文
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